شنا در مکان هایی که باکتری ها تکثیر می شوند، می‌تواند خطر ابتلا به این عفونت های رایج را افزایش دهد. انواع آلودگی میکروبی در استخر شنا بسیار محتمل است خصوصا اگر استخر به درستی نگهداری نشود. عفونت ها معمولاً توسط باکتری‌هایی مانند E. coli ایجاد می شوند. این باکتری‌ها می توانند از راه‌های مختلفی وارد بدن شوند اما یکی از راه های رایج از طریق منبع آب آلوده است. استخرها و جکوزی ها در صورت عدم ضدعفونی با قرص آلودگی میکروبی استخر شناکلر یا نگهداری مناسب، می توانند محل تجمع باکتری ها باشند.
اگر شناگر منظمی هستید و متوجه شده‌اید که اغلب دچار عفونت می‌شوید، مهم است که با پزشک خود صحبت کنید و سعی کنید منبع مشکل را پیدا کنید. اگرچه بعید است که این مشکل از آب استخر باشد - البته به شرطی که استخری که معمولاً در آن شنا می‌کنید به طور مناسب نگهداری شود - اما این احتمال وجود دارد.
در استخر هر کسی می تواند به کریپتو مبتلا شود و شما می توانید بیش از یک بار به آن مبتلا شوید. کریپتو بیماری نیست که بتوانید در برابر آن مصونیت ایجاد کنید و می تواند برای برخی باعث فوریت های پزشکی جدی شود، بنابراین افزایش آگاهی و رعایت اصول بهداشتی اولیه بسیار مهم است. دانستن میزان تمیزی آب و شناگران دیگر غیر ممکن است، اما این نباید شما را از پریدن به داخل استخر منصرف کند. تا زمانی که محتاط باشید و از بهترین شیوه‌ها در استخر استفاده کنید، باید بتوانید با خیال راحت از آب لذت ببرید.
بثورات پوستی، جوش، واکنش های آلرژیک به مواد شیمیایی و آسیب پوستی ناشی از آفتاب نیز می تواند هنگام لذت بردن از فعالیت های تفریحی آبی رخ دهد.